O Rafael Brianezi deixou uma dica no VOL para remover aqueles caracteres estranhos (^M) provenientes da diferença entre os limitadores de linhas dos 2 sistemas, CR/LF (carriage return/line feed) para DOS e somente LF (line feed) para UNIX, que aparecem em alguns arquivos vindos do DOS (aqui se inclue o Windows também) utilizando Perl:
http://www.vivaolinux.com.br/dica/Solucao-para-arquivos-com-%5EM-no-final-de-cada-linha-1
Mas para quem for mais preguiçoso produtivo, basta instalar o pacote tofrodos:
sudo aptitude install tofrodos
Após instalar você terá 2 aplicativos, o todos e o fromdos. Acho que os nomes são auto-explicativos, massss…
Transformando arquivos para o DOS: todos arquivo
Transformando arquivos para o UNIX: fromdos arquivo
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